灌溉施肥提高肥料的利用率。水肥被直接输送到根系泥土，可充分保证养分的有效供给和根系的快捷吸收。因水肥溶液在泥土中均匀散布，使得养分散布高度均匀，提高了根系的吸收效率。对微灌而言，因为湿润领域仅限于根系集中的区域及水肥溶液地均匀散布等起因，施肥效率大大提高。因为微灌的流量小，相应地延长了作物吸收养分的时间。在滴灌下，含养分的水滴迟缓渗入泥土，根区泥土水分饱和后立刻停滞灌水，因此能够减少养分向深层泥土的渗漏，特别是硝态氮的淋失。传统上施肥和灌溉都是分开进行的，肥料施入泥土后，因为没有及时灌水或灌水量不足，肥料存在于泥土中，根系并没有充分吸收。在灌溉时泥土能够达到水分饱和，但灌溉的时间很短，因此根系吸收养分的时间也短。
　　灌溉施肥节俭施肥劳力，特别对蔬菜和大棚内栽植的作物尤为显然。在果树栽培中，水肥管理耗费大批的人工，每次施肥要挖穴或开浅沟，施肥后要灌水。利用设施灌溉施肥后水肥同步管理，可节俭大批劳力。