提高肥料利用率：水肥一体化技术采取定时、定量、定向的施肥方式，在减少肥料挥发、流失及土壤对养分的固定外，实现了集中施肥和平衡施肥，在同等条件下，一般可节约肥料30%～50%。
　　减少农药用量：设施蔬菜棚内因采用水肥一体化技术可使其湿度降低8.5%～15.0%，从而在一定程度上抑制病虫害的发生。此外，棚内由于减少通风降湿的次数而使温度提高2～4℃，使作物生长更为健壮，增强其抵抗病虫害的能力，从而减少农药用量。
　　提高作物产量与品质：实行水肥一体化的作物因得到其生理需要的水肥，其果实果型饱满，个头大，通常可增产10%～20%。此外，由于病虫害的减少，腐烂果及畸形果的数量减少，果实品质得到明显改善。以设施栽培黄瓜为例，实施水肥一体化技术施肥后的黄瓜比常规畦灌施肥减少畸形瓜21%，黄瓜增产4%200 kg/hm2，产值增加20%340元/hm2。
　　改善土壤微环境：水肥一体化技术使土壤容重降低，孔隙度增加，增强土壤微生物的活性，减少养分淋失，从而降低了土壤次生盐渍。
　　节水：传统的灌溉一般采取畦灌和大水漫灌，水量常在运输途中或非根系区内浪费，而水肥一体化技术使水肥相融合，通过可控管道滴状浸润作物根系，减少水分的下渗和蒸发，提高水分利用率，通常可节水30%～40%。
　　节省灌水、施肥时间及用工量：水肥一体化技术是依靠压力差自动进行灌水施肥，节省人工开沟灌水及人工撒施肥料的时间，同时干燥的田间地头也控制了杂草的产生，从而节约清除杂草的用工量。此外，由于病虫害减少，喷药及通风过程的人工投入减少。